Program Studi (PS) Ilmu Kelautan dibuka pada tahun 1988 dengan nama Program Studi Ilmu dan Teknologi Kelautan (PSITK), sesuai dengan SK Menteri Pendidikan No. 18/DIKTI/Kep/1988 tanggal 14 Mei 1988. Pada tahun 1996 berubah nama menjadi Program Studi Ilmu Kelautan (PSIK) berdasarkan SK Dirjen DIKTI No. 532/DIKTI/Kep/1996 dan bernaung pada Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan (SK Mendikbud No.036/0/1996 tertanggal 29 Januari 1996).
Saat ini Program Studi Ilmu Kelautan terakreditasi “A” berdasarkan Keputusan BAN-PT No. 447/SK/BAN-PT/Akred/S/XI/2014, Berlaku 15 November 2014 – 14 November 2019.